Lo de que no te redirija bien me resulta raro, pon una url cualquier a ver como se comporta:
document.location.href="
http://www.loquesea.com";
A ver si te redirige. Prueba también poniendo la url completa:
document.location.href="
http://localhost/eliminado.php?nombre=" + nombre;
Un cosa que se me olvidaba, usa enlaces en vez de input:
<a href="javascript:confirmar('<?php echo $fila['Nombre']; ?>');">Eliminar Registro </a>
Un saludo